Инструкция реалбест рнк sars cov 2

Своевременная и качественная диагностика – один из ключевых факторов в борьбе с COVID-19: диагностика необходима и для оценки общей эпидемиологической ситуации, и в случае принятия решения по каждому конкретному пациенту. По данным сайта стопкоронавирус.рф на 12.05.2020 г. проведено более более 5,8  миллионов тестов на наличие нового коронавируса. Цифра огромная. Однако, насколько достоверны результаты? Появляется все больше историй о типичной картине COVID-19 при отрицательных анализах. Почему так может происходить?

Какие тест-системы сейчас используются, каковы их достоинства и недостатки, и почему некоторые регионы страны переходят на диагностику с помощью компьютерной томографии разберемся в этой статье. Все это важно знать фармацевтическим работникам, чтобы быть в курсе текущих событий и грамотно отвечать на вопросы, которые клиенты неизбежно задают и будут задавать людям в белых халатах.

Сначала поговорим о ПЦР-тестах, которые специфически выявляют РНК вируса в пробах. 

Взятие пробы для ПЦР

Показано, что для выявления нового коронавируса подходят смывы из носоглотки – из ротоглотки вероятность ложноотрицательного анализа немного выше [1]. Один из важнейших аспектов – время взятия материала. Проведенные исследования показывают, что при взятии материала у больного в первый день проявления симптомов COVID-19 положительный диагноз поставят с вероятностью 94 %, а вот к 10-му дню это будет всего лишь 67 %! [2].

Существует четкая закономерность: чем позже от возникновения симптомов взят материал, тем меньше шансов обнаружить в нем вирусную РНК.

Есть и хорошие новости: в течение первой недели от возникновения симптомов носоглоточные смывы имеют порядок от 100 000 до 1 000 000 копий вирусной РНК в 1 мл, что делает их легко обнаруживаемыми даже не самыми чувствительными системами. Исследования также показали, что вирусная нагрузка в верхних дыхательных путях может быть одинаковой у людей с проявленной симптоматикой и при бессимптомном течении болезни [3].

Транспортировка и хранение проб для ПЦР

Хранить образцы рекомендуется при температуре 2-8°C не больше 72 часов (более длительное хранение требует заморозки на -70°С и ниже) [4]. Соответственно, при нарушении температурного режима вероятность ложноотрицательного результата также повышается. Из-за перегруженности лабораторий, можно предположить, что большая часть образцов не хранится перед анализом надлежащим образом.

Точность разных ПЦР-тест-систем 

После попадания образцов в лабораторию правильность диагноза будет зависеть во многом от тест-системы, которую там используют. На сегодняшний день помимо двух тест-систем, разработанных еще в январе в ГНЦВБ «Вектор», зарегистрировано 8 ПЦР-тест систем [5]:

•   АмплиТест SARS-CoV-2; разработан ФГБУ «Центр стратегического планирования» (ЦСП) Минздрава РФ, Москва;
•   АмплиСенс CoVs-Bat-FL (ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва);
•   Поливир SARS-CoV-2 (ООО «НПФ «Литех», Москва совместно с ФМБА и НИЦЭМ им. Гамалеи);
•   РеалБест РНК SARS-CoV-2 (АО «Вектор-Бест», Новосибирск, Кольцово);
•   набор реагентов для выявления РНК коронавирусов SARS-CoV-2 и подобных SARS-CoV (ООО «ДНК-Технология-ТС», Москва);
•   набор реагентов для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 (ФГБУ «48 ЦНИИ» Минобороны России);
•   SBT-DX-SARS-CoV-2 (ООО «Система-БиоТех»);
•   набор ООО «МедипалТех» из Дубны (производителем указано ООО «Амплитек»).

Из них системы «Вектора» и «Вектор-Беста» (последняя через сеть лабораторий «Инвитро» [6]) используются для исследования проб от государственных медицинских организаций. Здесь хочется отметить, что система «Вектора» не содержит в своем составе внутреннего контрольного образца, который должен добавляться во все пробы для контроля правильности выделения РНК и реакции обратной транскрипции [7]. Отсутствие такого контроля может также потенциально приводить к некоторому количеству ложноотрицательных результатов. Хорошая новость заключается в том, что остальные зарегистрированные тест-системы имеют в своем составе внутренний контроль, а также, по-видимому, обладают более высокой чувствительностью, т.е. дают меньше ложноотрицательных результатов.

Что касается частных клиник, то компании «Хеликс» [8] и «Гемотест» [9] заявляют, что они используют систему ГНЦВБ «Вектор», в то время как CMD и «Ситилаб » используют более современные системы ЦНИИ Эпидемиологии и ДНК-технологии, соответственно [10, 11].

Таким образом, в городах, где представлены сетевые лаборатории, есть возможность сдать анализ частным образом и надеяться на точность проведения процедуры. В первые дни появления симптоматики точность будет выше.

Экспресс-системы

Что касается экспресс-тест-систем, то есть опасения, что созданные в сжатые сроки «уникальные» тесты по своему качеству будут уступать системам, основанным на обычной ПЦР. Насколько надежны эти системы покажет время, однако уже сейчас количество ложноотрицательных результатов ПЦР в совокупности с длительностью ожидания результата привело к тому, что в клиниках страны диагноз стали ставить не на основе ПЦР-анализа, а на основе результатов компьютерной томографии (КТ).

КТ

Преимущество КТ-диагностики при наличии клинической картины – это  скорость постановки диагноза и более высокая чувствительность по сравнению с реальностью ПЦР-диагностики: 97,2 % против 83,3 % согласно данным небольшого китайского исследования [12]. Начиная с 4-5 дня заболевания можно различить так называемый симптом «матового стекла», на стадии прогрессирования такие участки  консолидируются,  возникает симптом «булыжной мостовой», «обратного ореола», а в пиковая стадии – «белое легкое» [13]. Возникает закономерный вопрос: отличается ли картина пневмонии, вызванной именно новым коронавирусом, от заболеваний другой вирусной природы. Ответ – нет. Вирусные пневмонии, будь то аденовирус, грипп или другие респираторные вирусы, выглядят на КТ одинаково.

Однако в условиях пандемии, когда подавляющее большинство вирусных пневмоний имеют коронавирусную природу, использование КТ для диагностики становится более чем оправданным. В последней версии методических рекомендаций Минздрава по профилактике, диагностике и лечению COVID-19 указано, что «наличие клинических проявлений в сочетании с характерными изменениями в легких по данным КТ или обзорной рентгенографии органов грудной клетки вне зависимости от результатов однократного лабораторного исследования на наличие РНК SARS-CoV-2 и эпидемиологического анамнеза» является клинически подтвержденным случаем COVID-19 [14]. Отметим также, что объем поражения легких при РГ и КТ может не иметь прямой корреляции с клинической тяжестью заболевания. 

ИФА (иммуноферментный анализ)

ПЦР-тест-системы, как и КТ-диагностика выявляет COVID-19 в острой фазе. Однако весьма актуальна и информация об уже переболевших, на основании которой можно судить об охвате населения заболеванием, а также о числе бессимптомных случаев. Ответы на эти, а также на многие другие вопросы, может дать тест-система на антитела. На сегодняшний день разработкой таких тест-систем помимо «Вектора» занимаются такие организации как «Вектор-Бест», «НПО «Диагностические системы», ФНКЦ ФХМ ФМБА России, «МБС-Технологии», а также «Генетико» и Институт молекулярной биологии РАН [5]. К сожалению, тест-системы на антитела требуют намного больших усилий и времени на разработку, чем ПЦР-системы, а их чувствительность и специфичность оставляет желать лучшего. Так, проведенное в США исследование доступных система на антитела показало, что лишь 3 из 14 систем дают надежные результаты (т.е. не более 1% ложноположительных результатов), но при этом их чувствительность не превышает 90% относительно положительных контрольных образцов [15]. Какова будет чувствительность и специфичность разрабатываемых российских систем – пока неизвестно.

Итак, самое разумное, что вы можете сказать клиентам:

1. Если у вас первые пять дней симптомов – вполне можно сдать пробы для ПЦР-диагностики в частных центрах, в идеале, заказав выезд специалистов на дом. Желательно тестироваться в тех лабораториях, которые используют системы с контрольными образцами, о чем мы писали выше. 
2. Если тест дал отрицательный результат или прошло больше пяти дней от начала болезни, а симптомы сохраняются, то в этом случае можно сделать КТ, при этом соблюдать все меры предосторожности, ведь в очереди запросто могут оказаться люди с новой коронавирусной инфекцией. 
3. Проводить ИФА при текущей низкой точности – едва ли имеет смысл. 
4. Если у вас нет симптомов, но был контакт, то можно пройти ПЦР-диагностику, но лучше всего на 14 дней уйти на самоизоляцию и наблюдать за самочувствием.

Регистрируйся на нашем сайте и получай доступ ко всем материалам о COVID-19 в специальном разделе.

Самое важное по теме: антисептик оптики для рук, гигиена рук, дезинфекция в аптеке, правила использования масок, мифы и факты о коронавирусе, фармконсултирование по жаропонижающим и гипотензивным во время пандемии. 

Отвечаем на вопросы в прямых эфирах Вконтакте: https://vk.com/pharmznanie 

Обсудить последние новости со всеми коллегами России вы можете в чатах:

• Telegram: https://tglink.ru/pharmorden
• ВКонтакте: https://vk.me/join/AJQ1d_D2XxaDy9IdzL0e6EqH

Набор реагентов D-5580 «РеалБест РНК SARS-CoV-2» рассчитан для выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2 методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени. Все необходимые компоненты для ОТ-ПЦР входят в реакционную смесь, включая ревертазу и Taq-полимеразу. Не требуются дополнительное оборудование и реагенты для проведения ревертирования.

• Набор рассчитан на проведение анализа 96 образцов (включая два контрольных образца).
• Режим хранения набора: 2-8°С 12 мес.
• Допускается транспортировка и хранение при температуре до + 26°С до 10 дней.
• Набор используется с регистрирующими амплификаторами планшетного типа: «CFX96» (Bio-Rad, США); «ДТпрайм» (ООО «НПО ДНК-Технология», Россия).

Чувствительность выявления РНК коронавируса SARS-CoV-2, составляет 25 копий в ПЦР-пробе, что соответствует 1х10³ копий/мл исходного образца (при использовании наборов «РеалБест экстракция 100» или «РеалБест УниМаг» для выделения РНК).

Для взятия и транспортировки биоматериала (мазки со слизистой носа и задней стенки глотки) рекомендуется использовать С-8885 «Транспортный раствор» или аналоги, рекомендованные Роспотребнадзором.

Выделение РНК из клинических образцов возможно, как в ручном, так и автоматическом режимах.

• Для ручного формата выделения РНК используется набор С-8896 «РеалБест экстракция 100» (48 образцов).
• Для автоматического варианта выделения РНК рекомендуется использовать набор С-8883 «РеалБест УниМаг» и станцию для выделения нуклеиновых кислот KingFisher Flex (Thermo Fisher Scientific). Данная технология позволяет за 60 минут выделить РНК одновременно из 96 образцов.